Début du niveau
Accroupissez-vous dans la rame pour éviter les tirs et pour vous protéger au moment du crash. Nagez hors de la rame et remontez à la surface prendre votre respiration. Plongez jusqu'aux tonneaux dans la cage. Utilisez le pied-de-biche pour les libérer et remontez à la surface. Quand les tonneaux font surface, sautez dessus et dressez-vous. Courez et sautez vers la porte rouge. Remontez et allez sur la corniche. Sautez dans la partie droite du bassin. Sous l'eau, cherchez la porte métallique qui est sur la droite, qui mène dans une petite pièce où vous pourrez reprendre votre respiration. Retournez dans le couloir inondé et suivez-le. Accroupissez-vous pour nager sous les rayons. Arrachez la grille qui est au plancher et suivez le conduit. Prenez sur la droite à l'intersection et remontez dans le puits vertical. Arrachez la grille pour accéder à la surface. Passez la porte et suivez le couloir.

Eaux dangereuses
Suivez la passerelle jusqu'à l'échelle. Grimpez l'échelle et parlez au Scientifique. Sortez de la pièce et allez sur la corniche qui surplombe l'eau. Marchez doucement au bord de la corniche pour sauter dans l'eau. Au fond de la cage, vous trouverez l'Arbalète. Lorsque la cage s'enfonce, utilisez l'arbalète pour tuer l'Ichtyosaure. Sortez de la cage. Plongez sous l'eau et repérez la grille métallique dotée d'une roue. Tournez la roue pour soulever la grille et nagez en dessous avant de rejoindre la surface. Franchissez la porte métallique en haut du deuxième escalier. Descendez et fracassez les caisses. Eliminez les Vortigaunts et suivez le couloir qui vous amène dans une grande salle. Sautez sur la passerelle et suivez-la jusqu'à l'angle, où une partie de la passerelle commence à tomber. Eliminez le Vortigaunt et continuez jusqu'au prochain trou dans la passerelle. Sautez par-dessus en faisant attention à ne pas glisser. Tenez-vous entre la porte et le trou, faites quelques pas en arrière et faites un saut avec appel. Nagez le long du couloir inondé et grimpez à l'échelle jusqu'à la salle du générateur. Prenez le couloir de droite. Grimpez à l'échelle jusqu'au balcon. Poussez les deux caisses métalliques en bas de la plate-forme et descendez. Poussez les caisses de l'autre côté de la pièce et disposez-les de façon à former un escalier. Fracassez les caisses en bois qui bloquent l'accès à l'échelle et sautez dessus pour rejoindre la passerelle. Suivez la passerelle.

Accueil glacial
Suivez la passerelle jusqu'au couloir et éliminez le Bullsquid. Dans la salle des ordinateurs, tuez les Vortigaunts et les Headcrabs avant de recharger votre combinaison. Parlez au Scientifique dans la pièce adjacente et appuyez sur le bouton du panneau de contrôle pour ouvrir la porte qui mène à l'unité de stockage. Utilisez une de vos armes énergétiques pour éliminer les Vortigaunts et les Headcrabs qui se mettent en travers de votre route. Sautez dans le trou du plancher. Descendez les échelles. Prenez l'ascenseur qui est au bout du couloir. Lorsque le Garde est mort, descendez le couloir. L'endroit le plus sûr est celui qui ne compte qu'une seule issue. Vous pourrez ainsi abattre les Assassins dès qu'ils se montrent. Remontez par la rampe centrale et poussez le levier marqué "Surface Access". Passez l'une des deux portes marquées "Surface Access". Lorsque vous entrez dans une petite pièce, vous êtes fait prisonnier.

Fin du niveau
Lorsque les murs commencent à se refermer sur vous, montez rapidement sur les caisses. Lorsque vous êtes sur la caisse du dessus, sautez sur le rebord du compacteur de déchets. Marchez le long de la passerelle jusqu'à l'autre bout de la pièce. Prenez le pied-de-biche. Descendez par l'échelle et arrachez la grille. Sautez dans le tunnel et avancez vers la lumière.
Dans le chapitre " Ethique douteuse ", pour passer l'écran de sécurité, activez le laser et bloquez l'écran avec des caisses. Ensuite, sauvez les scientifiques et utilisez-les pour passer l'analyse rétinienne.